株券等の有価証券を保管振替機関が集中的に保管し、株券等の売買や配当金の受取りなどを口座の記載・記録によって行なう制度をいいます。

しかし、株券電子化によってこの制度は発展的に廃止され、2009（平成21）年1月5日からはすべての株券等は口座によって管理され、振替機関による口座間の振替えによって売買されることとなりました（「株券電子化」を参照）。

保管振替制度は、顧客が株券等を証券会社等に預託し（保護預り）、証券会社等は、顧客の承諾を得て預託された株券等をさらに保管振替機関に預託するという仕組みによって運営されていた。保管振替機関は、唯一、証券保管振替機構（ほふり）のみが指定されていたが、株券等電子化後の振替機関も証券保管振替機構のみ指定を受けています。

保管振替制度のもとでは、各顧客は顧客口座簿によって管理され、

1．株券等の売買は口座簿の記載内容の変更によって
2．配当、議決権などの権利行使は口座簿に従って顧客名が株式会社等に通知されること（実質株主等の通知）によって

なされていた。株券電子化は、このような制度の活用が大幅に進展した結果実現したのである（08年3月末には、全株券の84％が証券保管振替機構によって管理されています）。

なお、この制度の対象となる有価証券は、金融商品取引所に上場されている株式、新株予約権、新株予約権付社債、投資口、優先出資、投資信託受益権およびそれらに準ずるものであって、発行者の同意を得たものとされています。