土壌汚染状況調査の結果、その土地の土壌の特定有害物質による汚染の状態が、法定の基準に適合しないと認められる場合には、都道府県知事は当該土地の区域を、その土地が特定有害物質によって汚染されている区域として指定する必要がある（土壌汚染対策法第5条）。このようにして知事に汚染土地の指定を受けた土地は、汚染土地の指定区域台帳に搭載されることになります。

このような汚染土地については、土地所有者等が汚染を除去する措置を速やかに講じるべきであるが、そうした措置を土地所有者が講じない場合であって、健康被害が発生する恐れがある場合には、知事は土地所有者等に対して「土壌汚染の除去等の措置」を講じることを命令することができます（土壌汚染対策法第7条第1項）。

この命令を受けた場合において、土地所有者等が取るべき土壌汚染の除去等の措置は、土壌汚染対策法施行規則第24条から第27条に次のように定められている。

1．地下水汚染を経由した第一種特定有害物質による健康被害の恐れがある場合
土壌汚染の除去等の措置は「原位置封じ込め」「遮水工封じ込め」「土壌汚染の除去」のいずれかです。

2．地下水汚染を経由した第二種特定有害物質による健康被害の恐れがある場合
土壌汚染の除去等の措置は「原位置不溶化」「不溶化埋め戻し」「原位置封じ込め」「遮水工封じ込め」「遮断工封じ込め」「土壌汚染の除去」のいずれかです。

3．地下水汚染を経由した第三種特定有害物質による健康被害の恐れがある場合
土壌汚染の除去等の措置は「原位置封じ込め」「遮水工封じ込め」「遮断工封じ込め」「土壌汚染の除去」のいずれかです。

4．土壌の直接摂取による健康被害の恐れがある場合
土壌汚染の除去等の措置は原則的に「盛土」でよい。ただし50cmの盛土により生活上の著しい支障が出るような場合には「土壌入換え」を行なう。また、乳幼児が屋外で遊戯をする施設が設置されている場合には「土壌汚染の除去」を行なう。さらに土地所有者等が求めたときは、土壌汚染の除去等の措置は「舗装」または「立入禁止」でもよいとされています。